女同 h 手把手教你缱绻 ChIP
单击选中一溜数据，就不错在页尾看到这个数据的各式参数啦。
如图，这个 ChIP-Seq 的数据的各个质控参数皆还不错，PBC>82%，标明建库经由中莫得 PCR bias。用 Phastcon 检测 ChIP-Seq 数据中纠合位点的保守性，因为 TF 的 DNA 纠合序列在物种间相对保守，这种中间峰值最高，双方对称裁减的保守性分析限制，标明数据质地更为可靠，但组卵白修饰并不一定罢免这一规章。 
不错同期选几个 ChIP-Seq 数据，在 UCSC 中稽察 
礼聘在三组数据中皆有 peak 的区域，Zoom In。在有 peak 富集的区域礼聘 DNA 序列用来缱绻阳性对照的引物。关于你感酷爱的纠合位点，不错先定位到基因，再笔据 ChIP-Seq 的数据礼聘有 peak 富集的区域。 
获取 DNA 序列 
取得 DNA 序列了，就不错进一步愚弄 Primer 3 等软件进行 qPCR 引物的缱绻，用 Blast 检修引物特异性了。
关于阴性对照的引物，可按照雷同的步调，礼聘莫得 Peak 富集的区域进行缱绻。
关于探求东说念主，大小鼠，果蝇，酿酒酵母和斑马鱼的小伙伴们。还有一个最马虎的步调，那便是径直购买。Active Motif 提供一些现成的经过考据的 ChIP-qPCR Control Primer Sets（如下图）， 不错动作阴性对照引物或阳性对照引物径直使用，也省去各式检修的贫瘠，更多家具信息可登陆官网稽察或臆想咱们盘考。 
第三种情况：
若是你短少关联的 ChIP-Seq 数据动作参考，仍然有一些小的手段不错匡助你缱绻引物。
望望你买 ChIP 抗体的公司网页，是否有 ChIP 考据的数据，不错动作参考来缱绻阴性和阳性对照引物。笔据已有的数据判断可能纠合的位置，如组卵白修饰 H3K4me3 频繁在转录肇始位点（TSS）隔壁，引物缱绻频繁选 TSS 上游 500-1000bp 和 TSS 下流 500bp。关于其它卵白，它是否有特定的 DNA 纠合序列，若是是的话，检修有该序列的区域。关于 TF，以 TSS 隔壁的 DNA 序列缱绻引物是一个很好的入辖下手点，此外，不错看一下启动子区域是否有其它顺式调控元件或已知的其它卵白纠合位点，你眷注的卵白有可能会和其它卵白在该位点上造成卵白复合体。
终末，多缱绻几个位点的引物，多试一下吧。
第四种情况：
若是你探求的是一个杰出新的卵白，透彻莫得任何可参考信息，那么作念 ChIP 的时候加一个阳性对照的抗体来匡助检修 ChIP 的实际操作，然后径直建库测序分析数据吧。笔据得到的数据再礼聘感酷爱的位置进一步作念 qPCR 考据。
引物缱绻 Tips:
1. TF 纠合的区域频繁是启动子，UTR 这些 A/T 比例比拟高的区域，因而若是缱绻出来的引物 Tm 值略低，亦然泛泛的，唯有不错保证引物的特异性，不消强求退火温度比 Tm 低 5 度。
2. qPCR 的产物长度一般不要太长，80-150bp 就不错，因为在 ChIP 实际中染色质被片断化，你的 PCR 扩增的片断越长，这段 DNA 被打断的可能性就越大，丢失的信息也就越多。
3. 在使用珍稀的 ChIP 样品前，先用 genomic DNA 作念个 qPCR 来检修引物的成果和特异性吧。
什么？你以为上头的步调如故太贫瘠了？帮东说念主帮到底，还有终末一个宗旨，径直提供样本给 Active Motif 吧，咱们将为您完成所有的实际和数据分析，你需要作念的便是准备样本和躺等数据。 
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